天然磷矿中的伴生矿物，又称杂质矿物或脉石，主要有硅矿物和碳酸盐两类矿物。前者主要是石英或方石英(或其水合物如燧石或蛋白石)、粘土矿或其他硅酸盐矿物如长石和云母等。后者主要是石灰石和白云石。
磷矿中还常伴生有稀土矿物，其作为一种潜在的稀土资源，对开展综合回收稀土的研究具有重要意义。一般来说，自然界的稀土元素除了赋存在各种稀土矿中外，还有相当大的一部分与磷灰石和磷块岩矿共生。由于稀土的离子半径（0.848-0.106nm）与Ca2+（0.106nm）很接近，所以稀土以类质同象方式赋存于磷矿岩中，而且随着磷矿中五氧化二磷品位的增加，稀土元素含量也增加，两者呈正消长关系。
我国滇、黔、川、湘等地磷矿资源相对丰富，其中云南和贵州磷矿是一个特大型中低品位沉积矿床，磷矿储量约16亿吨以上，伴生的稀土储量70多万吨（稀土含量0.5‰-1‰），钇占稀土配分35%左右，镨钕约占20%，铽镝占2%-5%，其配分接近价值最高的中钇富铕离子型矿，是继离子型矿后的中重稀土后备资源。
磷矿是否有工业开采价值，在某种程度上决定于其杂质矿物能否经济地分离掉，而磷矿物与伴生矿物之间相互嵌布结合情况和矿物的颗粒大小则是决定其有效分离的主要因素。一些天然磷矿的磷矿物和杂质矿物之间相互胶结和嵌布致密，矿物颗粒又很细小，难于经济地分离，其工业利用价值就较小。天然磷矿开发的经济因素一般有：①资源的地理位置和交通运输条件；②采矿和富集的费用；③产品的品位，质量和市场价格；④是否引起环境污染。 磷矿 伴生矿物
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