党和政府十分重视古生物化石的保护同时对古生物化石采取了不少保护措施，特别是赋予国土资源部对全国古生物化石实施保护和监督管理（国办发[1998]47号）。1999年4月9日国土资源部颁发了《关于加强古生物化石保护的通知》（国土资发[1999]93号），使得古生物化石的保护在一定程度上得到了加强。但是，由于种种原因，使得古生物化石难以得到有效的保护。目前古生物化石保护存在的问题表现在如下几个方面：

　　（1）许多珍贵的古生物化石流失难以得到有效地控制，有的甚至遭到严重破坏，损失巨大。例如，辽宁西部朝阳、锦州等地区中生代地层中鸟鱼化石的发现，引起国内外科学界和新闻界的广泛关注，继而引发了大量鸟类及其它各种化石的乱采滥挖，大量化石被毁坏，化石产地也被滥挖得千疮百孔。

　　（2）由于市场经济的全面发展，为了追求利益有的单位和个人走私、倒卖古生物化石特别是重要化石日趋严重。仅河南西峡县恐龙蛋化石由于盗挖屡禁不止，走私猖獗，尽管海关已查堵多起走私案件，销往国外的恐龙蛋达数千枚，辽宁珍贵稀有的鸟类化石已流失到日本、韩国和美国等国家100多块，令人震惊，社会反响强烈。

　　（3）古生物化石的管理机构不健全，管理不到位。

　　（4）由于缺少古生物化石专项保护经费，使古生物化石的保护管理难以有效地落实。

　　（5）一方面，古生物化石保护的法规不完善，另一方面，对已有的法规宣传力度不够。

　　（6）随着古生物化石的个人收藏逐渐兴起，广大公众的古生物化石知识和其科学价值了解不够，因此，古生物化石的保护意识急待提高。

　　（7）我国古生物化石保护工作对外交流不够，与国际上的通行作法有一定差距。

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