多孔动物的外形变化很大，除少数种类外，往往没有对称面，在许多方面与低等植物相似，常被描述为块状、垫状、球状、指状、树枝状、杯状或漏斗状等。一般来说，深海种类的身体常趋于对称，具柄状体，固着在海底软泥上，由一个或成束的强大骨针形成柄或轴，下端深入泥中，上端将海绵体高高托起。有的种类基部有须根状的骨针，将海绵固着在海底上。
多孔动物的基本构造，可用单沟型的毛壶为例说明。毛壶体形如花瓶,辐射对称，体四周的薄壁围绕着中央的海绵腔(原腔)，体壁内层覆以排列疏松的领细胞，外层为薄的扁平细胞。体壁穿有无数小孔，称入水孔，顶端开口为出水孔。基部的组织将毛壶附着于适合的物体上。体壁内、外层之间为胶状基质，内有几种能游动的变形细胞。构造较复杂的双沟型是由单沟型多孔动物的体壁呈管状向外辐射皱折而形成，原来成片的领细胞层分割成许多辐管，辐管内的领细胞和海绵腔被隔开。复沟型是大多数多孔动物具有的水沟系，是双沟型具有领细胞的辐管被无数次地皱折、分割，最后领细胞被限制于小的鞭毛室内，海绵体可不断加厚,形成各种各样的体形。
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