300多年前，A.van列文虎克用约放大270倍的透镜，第一个看到了很多自由生活和寄生生活的原生动物,他把眼虫描述为“中间绿、两端白”的虫子,后人尊称他为原生动物学之父。
1758年C.von 林奈应用双名法命名了巨团藻虫，大巨变虫。G.A.戈尔德富斯1817年第一年用Protozoa(原生动物)一词，但他把腔肠动物也包括进去。对原生动物下了正确定义的是 C.T.E.von西博尔德(1845)。C.G.埃伦贝格1838年把观察的原生动物进行分类描述，提出初步的分类系统。20世纪初，从原生动物的经典分类研究逐步扩展到生理、营养、生态、遗传等领域。50年代起,由于电子显微镜的应用，使原生动物的研究进入到亚显微结构的水平。
近十余年来，应用显微分光光度计、酶化学等方面的新技术，在分子水平上对原生动物进行微观的研究。同时，通过应用计算机模型，也对原生动物的生态进行了群落级的宏观研究。
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