1、自理报关单位录入业务流程：
(1)自理报关单位持“报关单录入”操作员卡的操作员进入中国电子口岸“报关单录入”界面，可先下载本企业征免税证明、加工贸易手册或加工区备案清单后，脱机录入报关单数据(数据暂存在本地数据库);
(2)录入并提交后将录入的报关单数据信息上载到数据中心，进入自理报关审核申报业务流程;
2、自理报关审核申报业务流程：
自理报关单位持“报关单审核申报”操作员卡的操作员进入中国电子口岸的“报关单审核申报”界面，对报关单的逻辑性、填报的规范性进行审核，确保报关单可以向海关进行申报。
若审核不通过，则需要将报关单下载到本地进行修改，修改后的报关单需重新上载到数据中心，并且需要重新进行审核。
审核通过后进入自理报关申报确认业务流程;
3、自理报关申报确认业务流程：
(1)自理报关单位持“报关单申报确认”操作员卡的企业管理人员进入中国电子口岸“报关单申报确认”界面，对报关单进行确认申报操作，经“申报确认”后的报关单通过公共数据中心传到海关内部网。
如果申报确认时认为报关单的填制不符合逻辑，需要将报关单数据下载到本地进行修改，修改完毕之后需要将数据重新上载到数据中心，并且重新进行审核和申报确认。
(2)自理报关单位打印出经海关审核通过的报关单，并携带其他单证去海关办理其他通关手续。
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