生物氧化过程可分为三种:金属解离氧化过程、原生矿物氧化过程和次生矿物氧化过程。
(1)金属离解氧化过程。利用细菌氧化载体矿物，使包裹的有价值元素暴露出来，便于下一步回收。如各种载体矿物包裹金(或银)氧化溶解的过程，使其中的金(或银)解离，易于回收。
(2)原生矿物的氧化过程。原生硫化物矿物中的金属成分是通过细菌的氧化和溶解过程回收的。例如，黄铜矿、黄铜矿和闪锌矿的生物浸出是原生矿物的氧化。
(3)次生矿物溶解过程。次生矿物(氧化物和碳酸盐)被细菌氧化溶解，黄铁矿或含铁、硫的类似矿物初级氧化提供能溶解金属的Fe3+和硫酸溶液。例如，从铀矿中回收铀是指铀矿中存在(或添加)的黄铁矿被细菌氧化生成硫酸和Fe3+。然后，硫酸溶解含铀酰离子的矿物，Fe3+氧化铀氧化物(U4+变成U6+)，使其易于回收。
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