山区南部有丰富的矿产资源。目前已发现的矿种有铬铁矿、铅锌矿、铜矿、锑矿、磁铁矿、金矿(砂金、岩金)、银矿、汞矿、水晶、石灰石、大理石、页岩、花岗岩、云母矿、粘土矿、电气石、绿柱石、蛇纹石、软玉、矿泉水、地热等。目前，铬铁矿、碳铬铁、铅锌矿、锑矿、砂金矿和铜矿的开发利用已初具规模。其中，铬铁矿是自治区乃至全国最具影响力的矿产，沿雅鲁藏布江交界线呈东西向分布，东起加查，西至贡嘎，绵延600多公里。其探明储量520多万吨，占全国探明储量的50%，平均品位48%以上。其远景储量预计超过2000万吨，发展前景广阔。同时，开发利用非金属矿产，如大理石、石灰石、页岩、花岗岩、云母、粘土、水晶等。也在蓬勃发展。
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