菲律宾作为世贸组织成员，基本上可以按照乌拉圭回合农产品贸易谈判的要求逐步开放农产品市场，制定市场准入、国内支持、卫生检疫等方面的规则。
一.关税
作为世贸组织中的发展中国家，菲律宾被允许在1995年至2004年的十年中做出关税减让。2000年1月，菲律宾政府发布第334号行政命令，承诺在2002年和2003年继续降低关税。目标是到2004年，除一些敏感农产品外，几乎所有产品的税率都在0%至5%的范围内。根据菲律宾国家关税委员会的计算，2002年菲律宾农产品关税总水平为12.57%，2003年降至11.62%，2004年降至10.56%。除了关税，进口农产品通常还要缴纳10%的增值税。
一些农产品的进口受到关税配额的控制。进口的玉米和饲料、代替玉米的肉和肉制品、土豆等部分蔬菜实行关税配额，即配额内和配额外关税。配额内关税通常为3%-50%，且逐年递减，而部分配额外关税高达100%。
二。特许经营和进口许可证
国家粮食局是大米进口的唯一指定机构，参与玉米进口。近年来，国家粮食局通过国际招标从越南、泰国、中国等市场进口大米。
要进口新鲜水果和蔬菜，必须事先从菲律宾农业部植物工业局获得进口许可证。进口活畜、肉及肉制品需要提前向菲农业部动物工业局申请进口许可证。
三。检验检疫
水果和蔬菜
出于检疫原因，菲律宾政府要求所有新鲜产品都要有进口许可证。菲律宾进口商凭相关发票和箱子向菲律宾农业部植物工业局(BPI)申请进口许可证。菲律宾植物检疫局将在审查并确认进口商资格后签发相关进口许可证。货物到达菲律宾港口后，菲律宾进口商必须提交进口许可证和出口国的检疫证明，菲律宾检疫部门复检合格后才能入关。
菲律宾还对苹果、葡萄、洋葱和土豆的离岸预处理和入境做出了特别规定。比如苹果，要求用密封的冷藏柜运输，运输过程中不允许打开。必须随附原产地签发的植物检疫证书，并附上澄清文件，证明水果未被圣琼斯的蛾虫、苹果蛆和介壳虫污染。到达菲律宾港口后，菲律宾植物检疫官员会先取必要的样本进行实验室观察，检验合格后才允许通关。
对于某一品种的蔬菜或水果首次从国外市场出口到菲律宾，菲律宾植物检疫部门规定必须进行有害生物分析，并要求出口商提供以下信息:如作物原产地、耕作方法、有害生物名单、作物保护措施、包装、出口商名称和冷藏设备、现行植物检疫证书签发程序、向其他国家出口程序等。据菲律宾植物工业局官员介绍，有害生物风险分析大约需要120天。菲律宾也会根据情况对原产国进行考察，综合分析后最终决定是否发放进口许可证。
-肉和肉制品
为保护当地市场免受疯牛病、口蹄疫等疾病的侵害，加强对进口肉类和禽类产品的管理，菲律宾政府于2000年出台了新的政策和措施，规定:
(1)只有菲律宾农业部授权的外国肉类屠宰厂才能向菲律宾出口肉类和家禽。这些屠宰场必须遵守菲律宾卫生部食品药品监督管理局颁布的相关法规，如食品包装材料和标签的使用要求。
(2)所有出口菲律宾的肉类产品均需出具出口国动物检疫部门出具的国际动物检疫证书。
(3)只有在菲律宾农业部注册且合格的进口商才允许进口肉类和家禽产品。
(4)所有肉类产品运往菲律宾前，必须事先取得菲律宾动物检疫局签发的动物检疫许可证。此证有效期一般为60-90天。
(5)清关时，进口商应向菲律宾农业部动物检疫局提交国际检疫证书、动物检疫许可证和其他必要的运输文件。菲律宾动物检疫局进行动物检疫并出具动物检疫检验证明后，菲律宾海关同意放行。
(6)菲律宾农业部动物检疫局应向国家肉类检验委员会提供动物检疫证书复印件。国家肉类检验委员会将根据本证书提供的相关信息行使其权力，并有权在海关放行后48小时内对任何装运的肉类和家禽产品进行抽查。
此外，对不是以鲜／冷藏／冷冻形式进口的加工肉类产品，必须是在菲卫生部食品和药物局进行注册后才允许进口。当地进口商负责向食品和药物局提供产品资料，如成份分析证书、产品和包装样品，以便于菲食品和药物局就该产品是否遵守本地食品规定及包装法律进行评估。