一、进口税的减免
(1)货物变质或损坏(残损货物)
1.对于进口申报前已经变质或损坏的货物，申报时应考虑降低关税。
2.自申报进口时起至取得进口许可证时止，如货物因所在地发生火灾、水灾等不可抗拒的事件而变质或损坏，可减征关税。此时，进口商必须在签发进口许可证前向货物所在地海关关长提交两份“毁损、变质减税明细表”，记录货物编号、名称、数量、毁损、变质的原因和程度、计划减税金额和计算依据等。
(2)未变质和损坏的货物(完好货物)
日本政府从国家政治、经济和社会政策出发，对部分商品规定了临时或长期的减免税政策。比如对一些有利于国产装备现代化的机械产品，有临时性的减税或退税政策。
(三)减免关税的程序
申请减免税时，必须在进口报关单上注明减免税的有关事项，并在申报时提出减免税要求。
二。进口关税退税
已取得进口许可证并已缴纳进口关税的货物，取得许可证后存放在保税区或其他指定场所，因灾害等不可抗力发生变质、损坏的，可按规定退还已缴纳的全部或部分关税。灾难结束后，进口商必须立即向当地海关提交受损货物报告，由海关关长确认并发送确认函。灾难结束后3个月内，进口商可凭上述确认书向货物所在辖区海关关长申请受灾货物的海关退税。
三。国内消费税的征收和免征
日本规定，进口酒类、糖类、挥发油、液化石油气等商品时，需要在缴纳进口关税的同时缴纳国内消费税。该类商品的国内消费税手续一般与关税一并办理，不需要单独提交消费税申报。对因各种原因免征进口关税的货物，相应免征国内消费税。
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