1.合法手段
长期以来，我国水污染防治以完善法制和加强环境道德教育为主，辅以一定的经济处罚。1996年，全国人大修改了《水污染防治法》。修订后的《水污染防治法》体现了我国水污染防治指导思想由分散控制向集中控制与分散控制相结合、由末端控制向全过程控制与清洁生产相结合、由单一浓度控制向浓度控制与总量控制相结合、由区域管理向区域管理与流域管理相结合的转变。进一步加强了我国水污染防治的监督管理和执法力度。
2.行政手段
(1)达标排放。达标排放是指国家通过行政手段规定工业污染源必须达到相应的国家或地方污水排放标准，否则就要采取关、停、并、转等措施。提出企业污染治理时限，并据此开展监督检查，极大地提高了企业污染治理的责任感和紧迫感，极大地增强了地方各级政府的责任意识和监管意识，促进了企业的清洁生产和产业结构调整。
排放管理的一个重要考虑因素是水资源的利用和各流域的水量特征。各地要在国家标准的基础上，结合当地社会经济发展和生态环境保护对水资源和水环境质量的要求，并考虑水体的实际纳污能力，制定分流域甚至分河流的具体排污水质标准。对于社会经济产业结构落后、污染严重、治理困难的流域，要分阶段制定达标排放计划，最终使水体清澈，保证水资源的可持续利用。
(2)总量控制总量控制是根据水体的功能要求和自净能力，对污染源排放的污染物进行总量控制的一种管理方法。基本出发点是保证用水功能的水质约束要求。实施水污染防治总量控制，首先要制定区域水质规划，拟定主要污染源和企业的污染物允许排放总量，并与各企业总量控制规划提出的污染物排放总量相协调。污染物总量控制可以将水环境质量目标转化为总量控制指标，在企业的各类管理中实施。它是环保监管部门发放排污许可证的依据，也是企业管理的基本依据之一。考虑到各区域的自然特点，明确了污染物在环境中的扩散、迁移、转移和污染物净化的规律，计算了环境容量，综合分析了本区域的污染源。通过建立一定的数字模型，计算出各污染源的污染分担率和相应的污染物允许排放总量，得出最优方案，使各污染源只能排放总量小于排放总量标准的污染物。
3.经济手段
水污染管理的经济手段包括排水许可、增容许可和排污收费制度；市场化污水处理，收取水费和水污染处理费。污水处理厂作为企业运营，按照成本核定收费标准。