2012年以来，受市场需求下降、煤炭工业转型升级滞后以及税费负担与历史包袱较重等因素影响，煤炭行业出现结构性产能过剩、价格下跌、企业亏损等问题，运行困难加大。
意见指出，切实减轻煤炭企业税费负担。2013年年底前，财政部、发展改革委要对重点产煤省份煤炭行业收费情况进行集中清理整顿，坚决取缔各种乱收费、乱集资、乱摊派，切实减轻煤炭企业负担。在清理整顿涉煤收费基金的同时，加快推进煤炭资源税从价计征改革。
意见明确，加强煤炭进出口环节管理。按照节能减排和环境保护要求，研究制订商品煤质量国家标准。加强对进口煤炭商品的质量检验，将褐煤纳入法定检验目录。研究完善差别化煤炭进口关税政策，鼓励优质煤炭进口，禁止高灰分、高硫分劣质煤炭的生产、使用和进口。
意见强调，着力解决老矿区、老企业历史遗留问题。原国有重点煤矿承担的办社会职能中，已分离转移至地方学校、公安等机构的运转费用，按相关政策规定纳入当地财政预算；尚未分离的职能，地方政府要采取有效措施加快移交。落实相关政策，解决原国有重点企业破产煤矿遗留的离退休人员医疗保障及社会化管理、社会职能移交等问题。建立完善退出机制，对资不抵债且扭亏无望的煤矿，要依法及时关闭破产。
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