工业污水对水资源的破坏极大，先进的污水处理技术是环保专家们孜孜以求的目标。美国早在50年前就发现利用自然分解处理污水的方法。几十年来，人们对这种方法加以改进和完善。利用这种系统处理废水时，水中的可溶化学物质由需氧细菌处理，不可溶的悬浮颗粒则在第一阶段沉淀成污泥，进入密封的厌氧化谢区。厌氧细菌把污泥分解为甲烷、硫化氢、二氧化碳和氨等气体，这些气体反过来又可作为细菌的食物，因此剩下的污泥就很少。调查表明，这种废水处理系统运行10年后，所沉积的污泥也只有7～15cm厚。
日本地球环境产业技术研究与环保设备制造商合作，在千叶县开始进行用微生物净化被有机溶剂三氯乙烯污染的地下水的试验。采用的微生物是一种细菌，可以使三氯乙烯降解成无害的二氧化碳和乙烯等。试验装置设在该地区有深井的居民家的院子里。在地面上给微生物以养分，以增强它们的活性，然后注入位于地下水源上游的深井中。接着，再从下游的深井中回收微生物，给微生物以养分，再重新返回到上游的深井中去，不断循环反复，持续一年后，经测试，其净化效果达到了环保标准要求。
日本樱田工机公司已开发成功一种通过净化各种脏水（包括河水、湖水、工业废水、下水道污水）以及被废弃物、垃圾、尘土污染的脏水，生产饮用水和高品质水的系统。此系统配合使用从几千种好氧和厌氧细菌中筛选的能有效处理污水的细菌，能去除水中的多种的有害物质。水中的有害有机物三卤甲烷、环境激素、有机氯、多氯联苯，有害无机物氰化物、氟化物、钙硅石、镉、重金属，都能彻底清除，使水的洁净度达到定量分析的清洁标准。该系统还能生产无害、口味纯正的饮用水、工业用软化水，如锅炉给水和集成电路工业用的超纯水，其优点为生产能力大，成本低。净化水的回收利用对工业来说也是可行的。该系统所需场地和运转费用仅为普遍水净化系统的1/10～1/12。该系统回收的污泥只有普遍水净化系统的1/40。
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