党和政府高度重视古生物化石的保护，同时采取了许多保护措施，特别是委托国土资源部负责全国古生物化石的保护和监督管理(国办发〔1998〕47号)。1999年4月9日，国土资源部下发了《关于加强古生物化石保护工作的通知》(国土发[1999]93号)，在一定程度上加强了对古生物化石的保护。但由于种种原因，古生物化石很难得到有效保护。目前，古生物化石保护中存在的问题有:

(1)许多珍贵古生物化石的流失难以得到有效控制，有的甚至遭到严重破坏，造成巨大损失。如辽西朝阳、锦州等地区中生代地层中鸟鱼化石的发现，引起了国内外科学界和新闻界的广泛关注，进而导致大量鸟类等化石被乱采滥挖，大量化石遭到破坏，化石产地也被乱挖洞。

(2)由于市场经济的全面发展，一些单位和个人为追求利益，走私倒卖古生物化石特别是重要化石的现象日益严重。只有恐龙蛋，河南西峡县，偷猎屡禁不止，走私猖獗。虽然海关查堵了多起走私案件，但仍有数千枚恐龙蛋销往国外，辽宁百余枚珍贵稀有鸟类化石流失到日本、韩国、美国等国，令人震惊，社会反响强烈。

(3)古生物化石管理机构不健全，管理不到位。

(4)由于缺乏化石保护专项经费，化石保护管理难以有效实施。

(5)一方面，古生物化石保护的法律法规不完善；另一方面，现有法律法规的宣传力度不够。

(6)随着古生物化石个人收藏的逐渐兴起，普通大众对古生物化石知识及其科学价值的了解还不够。因此，古生物化石的保护意识亟待提高。

(7)中国对古生物化石的保护与其他国家交流不够，与国际惯例相差甚远。

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