环保部文件显示，两个项目不能审批，主要是水污染和水消耗问题。从环评上看，伊犁新天项目的问题最为突出，因为环保部认为选址有问题，而现在该公司已完成了大部分工程，整改起来相对比较难。煤制油和煤制气消耗水量巨大，特别是煤制气项目，需要大量水资源。
随着国家对环保的重视程度不断提升，前期拿到“路条”的煤制天然气项目，如果环评不过关，将很难通过最终核准。2015年7月7日，国家能源局对外发布《关于规范煤制燃料示范工作的指导意见(第二次征求意见稿)》。意见稿明确提出示范项目执行能源、化工领域现行最严格的环保标准或更高环保要求，同时将加强示范项目监督管理。
中投顾问能源行业研究员宋智晨指出，现代煤化工只有解决了环保难题才能真正成为煤炭清洁利用的主力军。当前我国煤炭经济运行处于地位徘徊的态势在短期内难以改变，发展煤化工成为推进煤炭清洁高效开发利用的一条重要途径。
但由于煤化工刚刚起步，依然属于高污染、高排放和高能耗产业，而在将来会有更多的环保标准及相关政策出台，因此煤化工要获得长远发展就必须通过环保技术改革等方式真正实现清洁生产。
石油化工业规划院化工技术经济研究所所长牛新祥表示，煤化工在争议中艰难前行，争议的焦点之一就是环境污染问题。对煤化工的环保要求远高于行业平均水平和经济发展阶段，各地也纷纷出台一些实施细则，据初步了解，对于化工包括煤化工都是严上加严。
宋智晨表示，煤化工水资源消耗量和废水产生量都很大，因此节水技术和污水处理技术成为行业发展的关键。我国的和水资源呈反向分布，例如山西、陕西、宁夏、内蒙古和新疆五个省的煤炭保有储量约占全国的76%，但水资源总量仅占全国的6.14%，节水技术将在这些地区的煤化工行业中获得广泛利用，企业将倾向于选择节水型工艺和设备以及用空冷技术代替水冷技术，并且会注意循环水的利用和冷凝液的回收。
煤化工废水的组分复杂并且含有固体悬浮颗粒、氨氮及硫化物等有毒、有害物质，若处理不当容易造成水污染并演变为水质型缺水，因此废水处理是所有煤化工项目都需要考虑的问题，也在很大程度上决定了整个项目的效益。
2015年5月，国家能源局印发《煤炭清洁高效利用行动计划(2015-2020年)》，提出适度发展现代煤化工产业，提升现代煤化工技术水平和能源转化效率，减少对生态环境的负面影响。
在2014年，中国去煤炭需求下降近3% ，而煤炭业转型的一大趋势煤化工则在6年后再度重启。煤化工行业是二氧化碳的排放大户已经引起业内的关注。
宋智晨认为，与传统石油化工行业相比，煤化工的二氧化碳排放量很大，尽管国家对于所有的煤化工项目还没有出台关于碳排放的硬性要求，但相关政策迟早会出台。
目前新型煤化工如煤制油、煤制气和煤制烯烃都是在煤制甲醇的基础上进行的，必然产生大量的二氧化碳，根据行业的平均水平，一吨煤制烯烃约产生11.1吨二氧化碳、煤制油8.7吨、煤制天然气8.25吨，因此在国家节能减排的大环境下，作为碳排放大户的煤化工未来面临的减排压力在所难免，加快碳减排技术的创新、降低碳捕捉和封存成本成为煤化工行业的重点。
未来煤化工生产必须依靠科技创新来加快环保技术改革的步伐，才能适应环保新常态，不断进步，在市场上站稳脚跟。
宋智晨指出，未来煤化工生产必须依靠科技创新来加快环保技术改革的步伐。首先，煤化工企业应加大环保投入力度，主要是对传统工艺及相关系统技术进行优化、集成和升级，使产能消耗进一步降低，污染进一步减少;其次，企业应积极借鉴国外经验大力推进废渣和二氧化碳的综合利用，依靠科技实现真正的清洁生产、高效节能；最后，企业还要根据市场情况和自身优势，持续追踪煤化工环保科技前沿，适时推进现代煤化工环保技术的开发和应用，政府和相关部门也要鼓励企业主动参与到节能环保项目中来。
