有分析人士认为，化肥增值税取消优惠，是化肥行业经营日趋成熟并向市场化迈进的重要标志，长期来看对经营规范、业绩良好的龙头企业是重大利好。

自1994年以来，国家对国内生产流通和进口的部分化肥品种一直实行免征或者先征后返增值税等优惠政策，在保障化肥供应、稳定农资价格、支持农业生产等方面发挥了积极作用。

但是随着形势的发展变化，政策弊端日益显现。一方面，化肥增值税优惠政策实施背景已经发生变化；另一方面，从政策执行情况看，农民和企业实际受益不大，还带来了重复征税和政策不统一等问题，特别是化肥产能过剩和过度施用问题日益突出。在这些因素的推动下，再加上目前化肥价格处于相对低位，市场供应充足，竞争充分，为化肥增值税优惠政策的调整提供了有利契机。

对于化肥增值税恢复征收可能带来的影响，安信证券化工王席鑫团队分析称，化肥增值税的恢复征收相当于多出来一块成本，至于这个成本未来究竟是由工厂、渠道还是终端来承担取决于供求格局。

他们认为，对钾肥影响相对较大，因氯化钾对于进口的依赖较大，而按照政策规定，进口无大的抵扣项，就按今年出厂价每吨315美元的大合同价格来计算，需缴纳40.95美元的增值税。如政府方面无相应的保护措施，贸易商若想维持当前的利润，只能在9月1日后将每吨价格上调约250元。对氮肥和磷肥总体影响小，特别是目前磷肥供需偏紧下磷肥企业可以完全甚至超额转嫁。

中信证券研究报告表示，中期来看化肥税费成本上升不大，由于增幅将可能分摊到生产、流通和种植户各个环节，对单个经营者来讲受到的影响并不太大。长期来看对经营规范、业绩良好的龙头企业是重大利好。化肥增值税取消优惠，是化肥行业经营日趋成熟并向市场化迈进的重要标志。

值得注意的是，国家对有机肥仍然在生产流通全环节实行免征增值税政策，有利于鼓励有机肥的生产和使用，优化用肥结构，促进农业可持续发展。此外，由于国家设有农资综合补贴并动态调整等制度安排，即使化肥价格出现一些波动，调整化肥增值税优惠政策对正常的农业生产和农民增收不会产生大的影响。