线路横跨江苏、安徽，起于江苏省南京市中华门站，经由南京市雨花台区、江宁区后，经景明大道上跨太子路进入安徽省马鞍山市，沿江东大道一直向南走行，然后穿越白纻山和姑溪河接入线路终点当涂南站。
宁马城际（马鞍山段）自南京市与马鞍山市交界处引出，北接项目南京段铜井站，向南依次经过马鞍山慈湖高新区、花山区、雨山区、市经济技术开发区和当涂县，终点止于当涂南站。
马鞍山段线路总长27.75km，其中高架段长度26.51km，隧道段长度0.75km，路基段长度0.49km，设车站8座，均为高架站，平均站间距为3.69km，在当涂县设当涂南车辆段1座。
根据经专家评审通过后的初步设计，宁马城际（马鞍山段）工程投资概算总额约为97.83亿元，其中工程费用约为63.37亿元，最终以主管部门批复为准。
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