●未签免税协议国家运输企业按3%征收率代扣代缴增值税——通知提出，未与我国政府达成双边运输免税安排的国家和地区的单位或者个人，向境内单位或者个人提供的国际运输服务，符合《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》第六条规定的，试点期间扣缴义务人暂按3%的征收率代扣代缴增值税。
●动漫企业原营业税优惠依旧享受——根据通知，被认定为动漫企业的试点纳税人中的一般纳税人，为开发动漫产品提供的动漫脚本编撰、形象设计、背景设计、动画设计、分镜、动画制作、摄制、描线、上色、画面合成、配音、配乐、音效合成、剪辑、字幕制作、压缩转码（面向网络动漫、手机动漫格式适配）服务，以及在境内转让动漫版权（包括动漫品牌、形象或者内容的授权及再授权），自试点开始实施之日至2012年12月31日，可以选择适用简易计税方法计算缴纳增值税，但一经选择，在此期间不得变更计税方法。
●船舶代理企业统一按6%税率纳税——通知规定，船舶代理服务统一按照港口码头服务缴纳增值税。《财政部国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》第四条中“提供船舶代理服务的单位和个人，受船舶所有人、船舶经营人或者船舶承租人委托向运输服务接收方或者运输服务接收方代理人收取的运输服务收入，应当按照水路运输服务缴纳增值税”的规定相应废止。
此外，通知明确，试点纳税人中的一般纳税人，以试点实施之前购进或者自制的有形动产为标的物提供的经营租赁服务，试点期间可以选择适用简易计税方法计算缴纳增值税。
对于上述试点政策的补充和调整，财政部财科所副所长白景明指出，上海“营业税改征增值税”试点运行已经半年，对一些政策作进一步明确和完善是必要的，这也是试点的应有之意。
