氧化是指利用细菌氧化包裹目标矿物(或元素)的非目标矿物，被氧化的非目标矿物以离子状态进入溶液，溶液被丢弃，而目标矿物(或元素)或解离，或以裸露状态留在氧化渣中，经进一步处理后提取有用元素的过程。如果细菌氧化了含有金银的黄铁矿、毒砂等矿物，则属于生物氧化。
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