昌吉矿产资源丰富，包括煤、铁、石灰石、天然气、明矾、硫磺、砂金和菱铁矿。其中煤炭资源最为丰富，质优量大，地质储量50亿吨，年开采量150万吨。石灰石约2480万吨；天然气探明面积60平方公里。北方沙漠地表随处可见芒硝，开发潜力巨大。