当有多个不同透水性的含水层在垂直方向上相互水力联系时，渗透系数可取每个含水层的渗透系数和含水层厚度的加权平均值Kcp。
潜水含水层:
承压含水层:
式中，Ki——含水岩系中各层的渗透系数，m/d；
Hi——潜水含水层各层厚度，m；
Mi——承压含水层各层厚度，m
当单个含水层的渗透率在水平方向上发生变化时，可通过以下方法确定:
在渗透率分布不均匀的裂隙或岩溶矿区，先将渗透率分段，求出各段的渗透系数，再计算各段面积的加权平均值(Fi):
当矿区渗透系数变化不大时，可采用各测试点的算术平均值。
对于岩溶含水层，当各测试点的渗透系数相差很大时，建议采用抽水量大、水位降深大、噪声范围大的抽水孔测试数据。当抽水量较大且深度较小时，建议用各试验点渗透系数的平均值计算正常涌水量，用试验点渗透系数最大值计算最大涌水量。
对于水文地质条件简单的小型地下开采矿山或中小型露天开采矿山，在缺乏抽水试验资料的情况下，为了粗略估算矿井涌水量(见表1)，可采用渗透系数的经验值。
表1渗透系数的经验值
