根据《环评审批文件》，该项目需要二氧化硫总量指标2804.39吨/年，但有840.78吨/年替代来源未落实到具体企业，需要氮氧化物总量指标2955.64吨/年，但有325.21吨/年未明确替代来源。报告书提出挥发性有机物削减替代量来自关闭2家焦化企业，但缺少具体的计算过程和可行性论证。上述问题与《建设项目主要污染物排放总量指标审核及管理暂行办法》要求不符。
《环评审批文件》认为，该项目拟采用的碎煤加压气化工艺清洁生产水平较低，废水、废气污染物排放强度大，运行稳定性较差，目前尚无长期稳定运行的成功先例。报告书未就废水暂存池采用粘土防渗措施的有效性和可操作性进行充分论述，废水处理设施稳定运行和废水不外排的可靠性论证不足，存在较大的环境风险隐患。
据测算，该项目危险废物每年需处理量为11.54万吨，其中焚烧2.8万吨、填埋8.74万吨，而项目依托的上海庙能源化工基地危险废物处置项目每年处理能力仅为9.4万吨，其中焚烧1.7万吨、填埋7.7万吨，基地处理处置规模不能满足项目需求，无法确保危险废物得到妥善处理处置。
