据中国煤炭运销协会研究处副处长郝向彬及多位大型煤炭企业相关负责人向记者表示，早就应该改革煤炭企业税费体系的不合理，使总税负降下来。在煤炭市场好的时候不合理的问题显现不出来，随着煤价不断回归理性，一旦遇到宏观经济增速放缓或煤炭经济运行环境突变，将会集中迅速的爆发出来。
记者由东部一家煤企独家获得的资料显示：仅2012年政策性税费增支公司就要上缴高达十几亿元。在今年提高的费用支出中，村庄搬迁费补偿标准提高、塌陷征地费预计比现行标准将增长30%左右、地方政府拟对塌陷地征收城镇土地使用税和采矿权使用费大幅提高等。据东部这家煤企相关负责人透露，近年来，国家大幅度增加采掘造成的“三废一沉”治理、土地塌陷补偿费和环境治理费用，这在吨煤成本中占据了很大比例，但是其费用却不能在现行增值税政策中予以抵扣。更是进一步增加了煤炭企业税费负担，企业应该负担这部分治理费用，但应在税收环节中予以抵扣。企业只是将这部分费用交给了政府，至于用途，更是不知用在了哪里。
近年来，煤炭行业职工收入也比以前有所提高，同时也增加了煤企的成本。该名负责人对此表示，这不是煤企成本增加的重点，现在煤炭行业职工收入是比以前高些，但增加的那部分是对之前收入过低的补偿性增长。随着煤价下跌，各大型煤炭企业纷纷采取了降薪计划，这部分增加的收入又被收回，而煤炭企业成本税费过高的问题也仍无法解决。“最近，因经济下滑，很多地方税收任务完不成。国税地税组织了专门检查组到煤企进行检查税收下降的原因。届时肯定会加大征缴力度。”该名负责人说。
目前，国内煤企成本税费达几十项，其中还有双重征收现象。山西省煤炭工业厅厅长吴永平曾对记者表示煤炭企业综合税费已占煤炭企业销售收入超40%，部分杂税和税费的取消有助缓解煤企压力，改变煤企税费体系，将有效杜绝收费乱象。
2011年11月30日，国家发改委曾在关于加强发电用煤价格调控的通知中提到，全面清理整顿涉煤基金和收费，取消违规设立的涉煤基金和收费项目和规范省级政府随煤增收基金标准。据了解，这一政策并没有完全落实，部分地区仍有乱收费、政出多门、税费政策口径不统一、重复计缴征收现象。除此之外，在今年两会期间，山西省五名政协委员曾联名建议国家取消煤炭企业政策负担，以利煤炭企业在市场中平等竞争。
