地壳中钼的丰度约为1× 10-6。在岩浆岩中，花岗岩的钼含量最高，达到2× 10-6。在地球化学分类中，钼是一种过渡亲铁元素。内生矿化中，钼主要与硫结合形成辉钼矿。钼钼矿(MoS2)是自然界已知的30多种钼矿中分布最广、具有实用工业价值的钼矿。其他常见的含钼矿物是钼铁([Fe3+(moo 4)8 & # 8226；8H2O])、钼酸钙矿石(CaMoO4)、彩色辉钼矿矿石(PbMoO4)、脆硫锑铅矿矿石(MoS2)、蓝色钼矿矿石(Mo3O8 & # 8226NH2O)等。辉钼矿有多种类型。实验表明，这些类型的出现与形成温度有关，2H型辉钼矿的形成温度高于3R型辉钼矿。从低温到高温形成非晶态MoS2→胶体MoS2→3MoS2→2HMoS2。测温数据显示辉钼矿形成温度范围较宽，可以从相当高的温度到相对较低的温度，在中高温阶段形成大量辉钼矿。在热液的作用下，MoS2在酸性条件下析出，即辉钼矿在酸性条件下最稳定。当溶液变成中性时，钼变成可溶的硫代钼酸盐和钼酸盐，然后再次移动。在低温和常温下，Mo4+在强酸还原环境下生成胶磷矿(MoS2)，其氧化产物为蓝色钼矿(Mo3O8 & # 8226nH2O).在外生作用中，钼是Mo6+,具有很强的活性。与铀相似，在接近中性或碱性的氧化还原过渡环境中稳定，从而产生多种含铀的钼酸盐矿物，如钼铀矿石[(UO2)moo 4 & # 8226；4H2O]，钼钙铀矿石[Ca(UO2)3(moo 4)& # 8226；(哦)2 & # 8226；1H2O]等。钼[Fe2(moo 4)3 & # 8226；NH2O]是硫化矿在酸性条件下(pH = 3 ~ 5)形成的常见矿物。铬铁矿是含钼铅锌矿在中性条件下的产物。铼的离子半径与钼相近，因此常取代钼而富集在辉钼矿中，成为工业用铼的主要来源。辉钼矿中铼的含量常与辉钼矿中3R型含量及成矿溶液中铼的含量有关。