1.普通船舶和集装箱船舶的一般进口通关程序

(1)货物进入保税区(运入保税区)

卸货后，原则上必须先运往口岸保税区或海关关长指定的其他场所。办完通关手续，缴纳进口关税，取得进口许可证后，就可以退了。货物运入各保税区时，应向海关提交进口批准申请书。但是，如果你被允许在货舱或驳船上检查货物，则无需在保税区办理进口申报。

集装箱的所有大宗货物(整箱货物)必须存放在集装箱堆场，所有次要货物(LCL货物)应存放在集装箱货运站。一般货物的存放地点可由进口商决定。一般都是临时放在保税棚里，需要长期存放的时候可以使用保税仓库。

进口货物不适合或者不能进入保税区的，海关也可以允许其存放在其他指定地点，但应当适用保税区的规定。

(2)进口报关

货物运入保税区或其他指定地点后，进口商应向海关关长提交下列文件申报纳税。

1.进口税收申报单3份。

2.附件:商业发票2份(无外汇进口1份)；装箱单和重量证书；运费和保险费的详细情况(当进口价格不是CIF时)；产地证、商检证等。；4套关税缴款书和1套消费税缴款书；进口批准证书(须经批准的货物)或事先确认(须经事先确认的货物)；其他许可证、批文等。有关法律法规规定的；相关免税文件。

如果进口商在进口申报时没有拿到装运单据和出口商签字的商业发票，进口商必须制作形式发票，签字，经银行认可后提交给海关，以便取得进口许可证和提货。从出口商处获得商业发票后，进口商必须按照海关的要求补开发票。

(3)进口检验

方法根据检查范围，分为抽样检查、部分指定检查和全检三种。按地点分为现场检查、驳船检查、货船检查和检查现场检查。进口动植物、动植物产品、食品等。必须经过检疫和防疫部门的检验。

(四)进口许可证

1.海关应当查验进口报关单，必要时可以查验货物。申报无误后，海关将四份完税凭证中的三份退还给进口商，进口商在日本银行或其代理机构(设在海关)缴纳进口关税。纳税后，进口商凭收据到海关领取进口许可证和进口批准证书。

2.进口商拿到进口许可证后，从保税区拿货，运到自己的仓库。此时进口商将海关凭进口配额证明退回的进口批准证明提交给外汇银行，外汇银行将上述文件提交给日本银行进行后期审核。根据规定，进口许可证必须由进口商保存3年。

二。集装箱船货物的清关

(一)日本港口集装箱堆场经营人作为船公司的代理人，应当在货船进港前向动物检疫机关或者植物检疫机关提交进口动物货物清单或者植物货物清单。货船进港后，必须立即提交货物舱单、卸货申请、集装箱清单等。去海关。

(二)通关场所

集装箱的进口清关地点可以是集装箱堆场、保税码头堆场甚至内陆仓库。

1.集装箱货场清关

进口商在集装箱卸货场完成清关手续，获得进口许可证并提取货物。将海关进口商提交的单证与进口货物进行核对，确认与申报纳税相符后，在纳税申报单上盖章后退还给进口商。进口商凭此在日本银行代理处等指定地点缴纳关税，凭税票向海关领取进口许可证提货。

2.码头保税堆场通关

集装箱从船上卸到集装箱堆场后，运输到进口商的专用保税堆场，然后按照通常的方式办理进口清关手续，但是费用高，手续复杂。

3.内陆仓库的清关

进口货物卸下后，直接运至保税仓库通关。这是一种特殊的通关方式，一般不采用。由于货物在日本内地运输过程中尚未完成进口申报，属于保税运输，使用该方式通关的进口商必须提前向海关提交《外国货物运输申报单》。