微生物浸出工艺包括堆浸、原地浸出、槽浸和搅拌浸出。

(1)堆浸法:堆浸一般在地面以上进行。这个过程通常使用斜坡地形。将待处理的大块矿石(未经破碎或经过一段时间的粗碎)堆放在不透水的地基上形成矿堆，在矿堆表面设置喷淋管道，连续或间歇向矿堆内喷淋微生物浸出剂进行浸出，并在下方修建集液池收集浸出液。流程图如图1所示。

图1土壤堆浸过程示意图

(2)原地浸出:微生物原地浸出也叫微生物浸出采矿。这种浸出过程是从地面钻一个孔到金属矿体，然后从地面向矿体中注入微生物浸出剂，就地浸出有用矿物，最后用泵将浸出液抽回地面，回收溶解的金属。为了使微生物在地下正常生长，完成浸出过程，除了在浸出剂中加入足够的微生物营养物质外，还必须通过专门的钻孔向矿体中吹入压缩空气体，为微生物提供所需的氧气和二氧化碳。

(3)槽浸:是一种渗滤浸出操作，通常在浸出池或槽中进行，故名槽浸。微生物细胞浸出工艺多用于处理高品位矿石或精矿，待处理矿石粒度一般为~ ~3mm或~ ~5mm。每个浸出槽(或罐)一次装几十到几百吨矿石，浸出周期几十到几百天。流程图如图2所示。

图2微生物池浸示意图