1998年3月10日，九届人大一次会议第三次全体会议表决通过关于国务院机构改革方案的决定。 根据这个决定，由地质矿产部、国家土地管理局、国家海洋局和国家测绘局共同组建国土资源部。 保留国家海洋局和国家测绘局作为国土资源部的部管国家局。
根据机构改革方案的说明，新组建的国土资源部的主要职责是:规划、管理、保护和合理利用土地资源、矿产资源、海洋资源等自然资源。在国务院机构改革方案中，国务院机构分为四类:宏观调控部门、专业经济管理部门、教育、科技、文化、社会保障和资源管理部门、国家行政部门。国土资源部划归教育、科学、技术、文化、社会保障和资源管理部门。国土资源部与教育、科技、文化、社会保障等部门一起，是国家经济发展的基础保障部门，是中国经济发展的后劲所在。这充分凸显了国土资源在国民经济中的基础地位。
新成立的国土资源部将依据《中华人民共和国矿产资源法》、《中华人民共和国土地管理法》、《中华人民共和国海洋法》、《中华人民共和国测绘法》等法律法规进行管理。按照精简、统一、效能的原则，调整组织结构，切实把部委和政府的职能转变为宏观调控、社会管理和公共服务，完善社会主义市场经济体制，建立符合市场经济要求的资源管理机制。
