在生物氧化过程中，不同的细菌有很大的生理差异。例如，作为电子供体，T.F .细菌可以氧化Fe2+和不饱和硫化物。T.T .菌只能氧化硫和不饱和硫化物；L.f .细菌只能氧化Fe2+。这些细菌在硫化矿的生物氧化中起着不同的作用。

有人认为，在硫化铜矿和含金砷黄铁矿的生物氧化研究中，发现在最初的氧化过程中，T.F .菌起主要作用，但一段时间后，L.F .菌和T.T .菌起主要作用，很少检测到T.F .菌。

第一，氧化细菌的新陈代谢

细菌在长期的进化过程中，形成了严格、准确、灵敏的代谢调控系统。细菌的代谢过程比较复杂，参与代谢的物质多种多样。而细菌的代谢调节系统能够严格控制代谢活动，使其有序高效运行，灵活适应外界环境。关键在于它的调节蛋白和代谢酶。当外界环境发生变化时，通过调节蛋白质来控制代谢酶的合成速率，从而控制细菌的代谢速率以适应外界环境的变化。

在细菌氧化过程中，随着矿浆中硫化物矿物成分的变化，细菌会通过自身的代谢调节系统不断调整代谢功能，以适应氧化环境的变化。

第二，氧化细菌的催化作用