生物氧化过程可分为三种:金属解离氧化过程、原生矿物氧化过程和次生矿物氧化过程。

一、金属离解氧化过程

利用细菌氧化载体矿物，使包裹的有价值元素暴露出来，便于下一步回收。如各种载体矿物包裹金(或银)氧化溶解的过程，使其中的金(或银)解离，易于回收。

二、原生矿物氧化过程

原生硫化物矿物中的金属成分是通过细菌的氧化和溶解过程回收的。例如，黄铜矿、黄铜矿和闪锌矿的生物浸出是原生矿物的氧化。

三。次生矿物的溶解过程

次生矿物(氧化物和碳酸盐)被细菌氧化溶解，黄铁矿或含铁、硫的类似矿物初级氧化提供能溶解金属的Fe++和硫酸溶液。比如从铀矿中回收铀，就是铀矿中存在(或添加)的黄铁矿被细菌氧化生成硫酸和Fe++，硫酸溶解含铀酰离子的矿物，Fe++氧化氧化铀(U被氧化成U++)。使其易于回收。