印度尼西亚历史悠久。爪哇是人类的发源地之一。古代就有人住在这里。印尼社会长期处于封建割据状态，分为印度教王国和伊斯兰教王国两个时期。公元一世纪佛教传入印尼，印尼进入印度宗教文化影响时期。公元五世纪，出现了最早的王国，即加里曼丹东部的古代王国和西爪哇的达卢玛王国。七世纪，东南亚一个强大的海上王国，斯里佛，死于苏门答腊的巨大港口。十三世纪末，本·拉登·维贾亚在爪哇岛建立了印尼历史上最强大、最大的玛瓦·贝西王国，从而统一了印尼。13世纪，伊斯兰教传入印尼，16世纪，伊斯兰王国消灭了巴西，印尼进入伊斯兰王国的全盛时期。511年，葡萄牙人为了夺取香料入侵印尼东部的马鲁古群岛，西班牙人紧随其后，遭到爪哇、苏门答腊、马鲁古等地伊斯兰王国的联合抵抗。

596年荷兰入侵，1602年荷兰在印度尼西亚建立了具有政府职能的“东印度公司”。1999年12月底，荷兰东印度公司宣布破产。1800年，殖民政府取而代之，俗称“荷印政府”。1811年至1816年，英国取代荷兰建立殖民政府。英国驻爪哇岛总督莱佛士实行部分自治，废除奴隶贸易，以土地所有权取代荷兰的强制种植制度。1816年后，荷兰逐渐恢复对印尼的殖民统治，直到1903年攻克亚齐，才完全占领印尼。在此期间，印尼各地从未停止过与荷兰的斗争，其中最著名的有1816年至1818年的马鲁古反荷起义、1825年至1830年的爪哇人民起义、西苏门答腊反荷战争、1873年至1903年的亚齐战争。

20世纪初，印尼出现了民族觉醒运动。1908年5月20日，印尼第一个有组织、有纲领、有领导的政治组织，即“至善会”宣告成立。1912年，伊斯兰教协会成立，主张与荷兰合作，进入议会斗争。同年，致力于社会和经济改革的现代穆斯林组织M'Hamdi Ya成立。印度尼西亚共产党成立于1920年。1926年，印尼领导了一次民族起义，被荷兰殖民者残酷镇压。同年，一个传统的穆斯林组织伊斯兰教徒联合会成立，并开始改变穆斯林的社会和文化运动。1927年，苏加诺等人组建印尼民族党，采取与荷兰不合作的政策，争取民族独立。1928年10月28日，在巴达维亚(今雅加达)召开的第二届全印尼青年大会上，全国各民族、各种语言、各种宗教、各种文化背景的青年宣誓效忠“一国，即印尼；一个民族，即印度尼西亚民族；一种语言，即印度尼西亚语”。日本于1942年入侵并占领了印度尼西亚。1945年日本投降后，印尼爆发“八月革命”。

1945年8月17日，苏加诺宣布独立，成立印度尼西亚共和国。苏加诺和哈达分别出任总统和副总统，并颁布了“四五”宪法。1945年11月10日，针对英军的泗水保卫战爆发。1946年，英军撤出印尼，追随英军入侵的荷兰人企图恢复在印尼的殖民统治，遭到印尼军民的坚决反击。1946年11月，双方签署了《聆烨椰子协定》。1947年7月，荷兰军队撕毁协议，对印度尼西亚共和国发动了第一次殖民战争。之后，双方签署了《伦维尔协议》。1948年9月，发生了镇压印尼共产党的“莫利芬事件”。1948年12月，荷兰军队趁机对印度尼西亚共和国发动了第二次殖民战争。1949年11月，双方签署圆桌协议，印尼成为联邦共和国，加入荷印联邦。1950年8月，印度尼西亚建立了统一的印度尼西亚共和国，并颁布了临时宪法。同年8月27日，印度尼西亚成为联合国第60个会员国。

1950年至1959年，印尼采用议会制，推行“自由民主”，先后有7届总理内阁。1954年8月，他宣布脱离荷印联邦。第一次全国大选于1955年举行。同年4月亚非会议在万隆举行。先后粉碎了亚齐、爪哇和南苏拉威西的伊斯兰国/伊斯兰军运动(1950 ~ 1965)、南马鲁古共和国分离主义运动(1950)、苏门答腊的印度尼西亚革命政府和苏拉威西的民族斗争宪章分离主义运动(1958)。1959年，苏加诺宣布恢复“四五”宪法，实行“总统制”，实行“有领导的民主”，并提出了民族主义、宗教主义和共产主义合作的思想，即“纳沙贡”思想。1963年，被荷兰殖民者占领的西伊里安被收复。同年9月，发起“反对马来西亚运动”，反对建立马来西亚联邦，并于1965年1月退出联合国，抗议马来西亚成为联合国安理会成员。

1965年9月30日，苏加诺警卫团团长翁东发动“九·三○运动”，宣布成立“革命委员会”，接管政权。同年10月1日，陆军情报中心宣布陆军战略预备队司令苏哈托暂代陆军领导权，对“九·三零”运动的发起者采取军事行动，大肆逮捕和处决印尼共产党人及其同情者。美英最新解密档案和学术研究表明，印尼军队与这场运动关系密切。事实上，在美国和英国的直接支持下，印度尼西亚军队借口屠杀印度尼西亚。1966年3月11日，苏哈托就任总统，次日，苏哈托宣布解散印尼共产党。1968年，军人出身的苏哈托成为印尼共和国第二任总统，结束了苏加诺的“旧秩序”，开启了“新秩序”。他奉行反共反华政策，寻求西方援助，与东南亚邻国媾和，共同建立东盟。1969年4月，实施五年建设计划。1971年举行大选，1973年政党精简，仅保留专业团体，印尼建设团结党和印尼民主党。1975年，东帝汶被兼并，成为印度尼西亚的第27个省。

1997年下半年，由泰国金融危机引发，印尼发生金融危机，政局严重动荡。1998年3月，苏哈托第七次出任总统，技术专家哈比比出任副总统。1998年5月13日和14日，印尼雅加达等地发生了几十年来最严重的袭击中国人的骚乱，给中国人的生命财产造成了极其严重的损失。印尼发生了全面的政治动荡，政治、经济、社会出现了前[/k0/]危机。5月20日，苏哈托在民众示威和倒戈中被迫将权力移交给副总统哈比比，哈比比成为印度尼西亚共和国第三任总统。印度尼西亚已经进入民主改革的过渡时期。

1999年6月，印度尼西亚举行了30多年来第一次自由民主的全国大选，有48个政党参加。苏加诺女儿梅加瓦蒂领导的民主斗争党获得33.76%的选票，成为议会第一大党。1999年8月30日，根据哈比比政府、葡萄牙和联合国达成的三方协议，东帝汶在联合国监督下就是否接受印尼的自治方案举行全民公投。78.5%的选民拒绝接受，东帝汶脱离印尼，开始独立进程。1999年10月，民联大会投票选举伊斯兰联邦主席瓦希德为印尼共和国第四任总统，梅加瓦蒂为副总统。2001年7月23日，印尼人民协会特别会议通过决议，罢免总统瓦希德，同时任命梅加瓦蒂为印尼第5任总统，任期至2004年，梅加瓦蒂成为印尼历史上第一位女总统。2004年10月，苏西洛·班邦·尤多约诺就任印度尼西亚总统。