起初，“三同时”制度只适用于新建、改建、扩建企业，后来适用范围不断扩大。目前，该制度适用于:新建、改建、扩建项目，技术改造项目；一切可能造成环境污染和生态破坏的开发建设项目；有实际经济效益的综合利用项目。
“三同时”制度在项目设计阶段、施工阶段和竣工验收阶段有不同的要求，具体如下:
1.设计阶段
建设项目投入建设前，建设单位必须认真做好初步设计中的环境保护环节。这部分应包括:环境保护措施的设计依据；环境影响报告书(表)及审批中规定的要求和措施；处理工艺流程及污染防治的预期效果；针对资源开发引起的生态变化所采取的预防措施；工程环境监理要求、绿化设计和监测手段；环保投资预算等。施工图设计必须按照批准的初步设计文件确定的各项措施和环境保护环节的要求进行。
2.施工阶段
建设单位中的施工单位应当将环境保护项目纳入建设计划和进度，做好项目建设的组织工作，保证环境保护设施建设所需资金和物资的供应，并负责落实环境保护行政主管部门对项目建设阶段和环境监理的要求。
3.竣工验收阶段
工程竣工后，建设单位必须按照《建设项目环境保护管理条例》和《建设项目竣工环境保护验收管理办法》办理验收手续，经验收合格后，方可投入生产和使用。验收程序包括:①需要试生产的建设项目，建设单位向行业主管部门和环境保护行政主管部门提交试运行申请报告。经批准后，环境保护设施与主体工程同时投产；②建设项目应当在投入试生产后3个月内向行业主管部门和环境保护行政主管部门提交环境保护设施验收申请报告，并保证试运行。环境保护部门应当组织验收。预验收结束后，建设单位应向环境保护行政主管部门提交正式的“环境保护设施竣工验收报告”，并说明环境保护设施试运行情况和治理效果。(三)分期建设、分期投入生产或者使用的建设项目的配套环境保护设施应当分期验收；④环境保护行政主管部门应当自收到环境保护设施验收申请之日起30日内给予答复或者签署意见。凡验收合格的项目，批准其验收申请报告、申请表或验收登记卡；⑤确需拆除或者闲置已投入生产或者使用的环境保护设施的，必须征得当地环境保护行政主管部门的意见。
