在污染源调查的基础上，运用技术、经济、法律等管理手段和措施，对污染源进行监管，控制污染物排放，以改善环境质量。控制污染源的主要措施有:
根据环保标准要求，考虑技术可能性和经济合理性，结合区域环境特点，制定各种排放标准和指标，如污染物排放标准(或允许排放量)、单台设备排放控制指标、单位产量(或产值)排放控制指标、单位产量(或产值)耗水指标、燃料消耗指标、原材料消耗指标等。这些标准和指标一经国家有关部门批准公布，将成为污染源治理的法律依据。
按照相关标准控制污染物排放，控制污染源的排放是改善环境质量的重要措施。60年代中期以前，美国、日本、联邦德国等国的做法是:通过调查确定污染源后，进行监管，发现超标排放污染物的污染源，即对责任人进行经济制裁或法律制裁，以督促责任人减少污染物排放量。在20世纪70年代，中国也采取了类似的措施，推动有关方面改革生产工艺、设备、原材料、燃料成分、资源综合利用和减少或消除污染物。这样可以在一定阶段控制污染，保护环境。
采用这种单一的污染源控制措施，管理费用高，控制标准不尽合理。近年来，一些国家逐渐应用系统分析来解决环境问题。这样既能合理利用环境容量，又能以较少的资金和较短的时间确定各污染源的允许排放量。在我国松花江水系水质标准的制定过程中，在建立首个松花江水质模型的基础上，通过计算机模拟和优化方法，确定了主要城市的合理水质标准和可生物降解有机污染物允许排放量，为松花江水系水质管理规划提供了科学依据。
